Божидар Димитров е роден в на 3 декември 1945 година в Созопол, в семейство на бежанци от Източна Тракия. Завършил е история и археология в СУ "Климент Охридски" , има докторат по история.
Научна кариера
През 70-те години на 20 век проучва архивите на Ватикана, където попада на част от "История на България" на Петър Богдан Бакшев, написана през 1667 година - историкът я намира в архива на Борджиите. На 24 декември 1985 година е утвърден за старши научен сътрудник II степен.
Директор на НИМ
През декември 1994 г. е назначен за директор на Националния исторически музей (НИМ). Обвиняван е, че по това време допринася за уволнението на директора на управление „Музеи и галерии“ в културното министерство Алберт Бенбасат, като го обвинил в участие в организиран незаконен износ на паметници на културата и произведения на изкуството. Като директор на Национален исторически музей, през 1997–1998 г., има задочен конфликт с президента на Република България Петър Стоянов по повод връщането в Зографския манастир на черновата на „История славянобългарска“, написана от отец Паисий Хилендарски. В резултат на което — през лятото на 1998 г. договорът му в НИМ е прекратен от министъра на културата Емма Москова. Препитава се като свободен журналист в Бургас и София през периода 1998 – 2001 година. „Възстановен“ е като директор на НИМ през октомври 2001 година след конкурс.
Телевизионен водещ
От 2002 г. е водещ на телевизионното историческо предаване „Памет българска“ по Канал 1.
Политическа кариера
Член на БСП
Два пъти е бил в листите за народни представители на БСП — в окръзи Кърджали и в Шумен през 1997 и 2001 година, но на по-задно, неизбираемо място.
Като член на Висшия партиен съвет на БСП в края на 2005 година Божидар Димитров се обявява открито против решенията на ръководството на БСП. Той не подкрепя кандидатурата на Татяна Дончева за кмет на София и подкрепя независимия кандидат Бойко Борисов, с когото е в приятелски отношения. За това си действие е снет от поста водач на групата на общинските съветници на БСП в Столичния общински съвет. След това престава да изпълнява поста, на който е избран, като не се явява на сесии.
В подкрепа на ГЕРБ
Преди Парламентарните избори в България през 2009 г. напуска БСП и застава в подкрепа на ГЕРБ. На изборите е избран за народен представител, след като е издигнат от ГЕРБ за мажоритарен кандидат в Бургаски избирателен район.
Министър
В 87 правителство на България е назначен за министър без портфейл, който отговаря за Агенцията за българите в чужбина, Държавна агенция „Архиви“ и Дирекцията по вероизповеданията към Министерския съвет.
На 21 януари 2010 година, по предложение на Божидар Димитров за промяна в законодателството, срокът, в който кандидатите за българско гражданство ще трябва да получат отговор "да" или "не", ще е една година. Кабинетът на ГЕРБ приема предложение за промени в Закона за българското гражданство, които елиминират упълномощените лица при подаване на документите или при получаване на указите и задължават кандидатите за български паспорти да се явяват лично на интервю. По оценки на министър Божидар Димитров в резултат от войни и преселения извън страната живеят 2 и половина милиона българи, които нямат българско гражданство. В момента за разглеждане чакат 56 хиляди молби на такива българи. Според министъра на българите в чужбина промените ще ускоряват процеса и ще ликвидират корупцията. Тарифата за ускорено получаване на български паспорт била между 5 и 10 хиляди евро. "Сега, когато човек знае, че в рамките на една година знае, че ще чуе "да" или "не" на молбата си - силно се съмнявам, че някой ще се бръкне да плаща толкова пари на някой корумпиран чиновник", коментира министър Димитров.
